El sistema hidrográfico de Honduras, está formado por 19 sistemas de ríos que nacen en el territorio nacional y desembocan en ambos océanos. En la vertiente del mar Caribe desembocan trece sistemas, con longitudes entre 550 y 25 km. cuyas cuencas representan el 82.72% del territorio nacional y en la vertiente del Pacífico a través del Golfo de Fonseca desembocan seis sistemas que representan el 17.28%. Los ríos de Honduras que desembocan en el mar Caribe son: Chamelecón, Ulúa, Aguán, Lean, Tinto o Negro, Patuca, Segovia entre otros. En el océano Pacífico terminan por desembocar los ríos Choluteca, Negro, Lempa, Goascorán, y el Nacaome. Los ríos que desembocan en el Caribe son los más extensos y caudalosos del país.

El río Coco o Segovia tiene 550 km de longitud y cubre una área de 5.684 km². El río Patuca, con sus 500 km de longitud cubre la cuenca más extensa (23.511 km²). El segundo en importancia es el Ulúa, cubriendo una cuenca de 21.964 km² con una longitud de 300 kilómetros de longitud. Los otros gigantes del país son el Chamelecón con 200 km de largo, el Tinto o Negro con 215 km y el Aguán que con sus 275 km de longitud cubre una cuenca de más de 10.523 km². Otros ríos no menos importantes de la vertiente del Caribe hondureño son: Río Plátano (100 km) Cangrejal, Cuyamel y el Motagua que cubre una cuenca internacional de 2,008 km².
Los principales ríos de la vertiente del Golfo de Fonseca son pocos, pequeños, y menos caudalosos en comparación a los del Caribe. El más largo es el río Choluteca que recorre 250 km cubriendo una cuenca de más 7500 km² y una superficie agrícola de 2132 km². Luego le sigue, el río Goascorán con 115 km de largo, cubriendo una cuenca de 1920 km². El Nacaome tiene 90 km de largo y el río Negro 85 km de longitud. El río Lempa por otro lado, cubre una área internacional de 5,612 km².